Het spel verloopt als volgt:
Eerst vindt er een introductie van de karakters plaats, waarin ze voor de eerste keer met elkaar kennis maken. Tijdens de algemene introductie vernemen karakters ook dat ze opgesloten zitten in Hope's Peak Academy en dat ze niet weg kunnen, behalve als ze de perfecte moord plegen.
Hierna wordt er gerold voor een moordenaar. Degene die de moordenaar van deze sessie is, rolt ook voor een karakter van de andere partij die het slachtoffer wordt. Zodra deze twee rollen bepaald zijn wordt de moord bedacht. Er komt een post met de moord en de details op het forum te staan.
Na de moord komen er interacties tussen de karakters en proberen ze uit te vinden wie de moordenaar is. Dit kan door hints die door degene die de moordenaar speelt gegeven worden, maar ook uit gesprekken met bepaalde karakters. Sommige karakters kunnen wat gezien hebben of zelf zo hun ideeën hebben over de moord.
Als de tijd om te onderzoeken om is komt er een Class Trial. Hierin probeert de speler uit te vinden wie de moordenaar was. Als dit lukt wordt de moordenaar geëxecuteerd. Als dit niet lukt, wordt iedereen behalve de moordenaar geëxecuteerd. Als alleen de moordenaar sterft gaat het spel verder vanaf het rollen voor een moordenaar en een slachtoffer: rinse and repeat.
